L’intrigue se déroule dans un contexte de guerre mondiale, dans une ville située en Asie. Au Japon, le lieutenant colonel Yuki se retrouve à la tête d’une agence d’espionnage nommée « D ». De son côté, après avoir refusé de suivre l’ordre d’un supérieur, un soldat doit faire face à sa sentence. Mais, in extremis, il est recruté par l’agence « D » où il va d’abord suivre un entraînement. Afin nommé pour sa première mission, il doit récupérer un document confidentiel appelé « Black Note », à ce jour entre les mains de l’ambassadeur américain Graham. Un jeu va alors commencer entre Kato, une mystérieuse femme nommée Rin, les espions britanniques et l’armée radicale japonaise.